כל מה שרצית לדעת על NMD:
Nonsense-mediated decay (NMD) הוא מנגנון בקרה על ה-mRNA שמצוי בכל היצורים אוקריוטיים אשר תואר לראשונה ב-1979.
המנגנון מפחית ביטוי של גנים שבהם מופיע קודון פסק מוקדם (לפני המקום שבו הוא אמור להופיע בדרך כלל).
NMD הוא מנגנון בקרה המביא לפירוק של mRNA המכיל קודון פסק מוקדם.
המנגנון מונע תרגום של mRNA המכיל קודון פסק מוקדם, העלול לגרום נזק לתא בגלל gain of function לחלבון שאינה טבעי או בגלל dominant-negative – הביטוי של החלבון הפגום יהיה דומיננטי על פני החלבון התקין, ולא יהיה תפקוד תקין.
שלושת הגורמים העיקריים המעורבים במנגנון NMD הם: UPF1, UPF2 ו-UPF3 – אלו הם חלבוני up-frameshift.
ביונקים מצויים UPF2 ו-UPF3 כחלק מ-Exon junction complex הקשור ל-mRNA לאחר השחבור, יחד עם אנזימים אחרים כדוגמת eIF4AIII, MLN51 וההטרודימר Y14/MAGOH, שגם להם תפקיד ב-NMD.
זיהוי תעתיקים פגומים יכול להיעשות בסבב הראשון של התרגום: הריבוזומים מסירים exon-exon junction complexes הקשורים לmRNA, ואם גם לאחר הסבב הראשון של התרגום נותר אחד מחלבונים אלו קשור ל-mRNA מופעל מנגנון NMD.
כיוון שקודון הפסק מופיע מוקדם, מתנתק הריבוזום מה-mRNA מוקדם יותר, ולא מגיע לכל החלבונים הללו.